IHPE – ALIAGA Benoît

IHPE UMR 5244
Université de Perpignan via Domitia
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email : benoit.aliaga@univ-perp.fr
rond-GB
GRADE : Doctorant (CV  Français   Anglais)
ENCADRANTS : Christoph GRUNAU & David DUVAL
EQUIPE : ECOEVI
SUJET DE THESE :
Genome-wide comparison of chromatin structure changes in infective forms of parasitic flatworms
MOTS CLES :
épigénétique, cellules souches, developpement, Schistosoma mansoni, Ecchinococcus multilocularis, Chip-seq, bioinformatique
PROJET DE THESE :
Mon projet de thèse consiste à étudier la structure chromatinienne chez les cellules souches de deux vers plats parasites de l’Homme: Schistosoma mansoni et Echinococcus multilocularis. Ces deux parasites sont en situation de réemergence en Europe. Ils possèdent un cycle de vie complexe (voir Figure n°1), comprenant plusieurs stades au cours de leurs cycles et deux strategies completement differentes apparaissent. En effet, chez le premier, les larves miracidia et cercaires recherchent activement leur hôte. Tandis que pour le second, les larves attendent passivement que leurs hôtes les ingères accidentellement pour pouvoir continuer le cycle. D’ailleurs le stade métacestode d’Ecchinococcus serait remplis de cellules souches, qui ont été, également, identifiées à tous les stades des cycles de ces deux parasites. Pour étudier leurs structures chromatiennes, la technique du Chip-seq et du RNA-seq sera utilisé. Ce travail est réalisé en collaboration avec le Klaus Brehm de l’Université de Wurzburg (Allemagne).
rond-GB
Fig. : cycle de vie de Schistosoma mansoni et Ecchinococcus multilocularis
PUBLICATIONS AVANT L’ENTREE AU LABO :
– Boutte J., Aliaga B., Lima O., Ferreira de Carvalho J., Ainouche A., Macas J., Rousseau-Gueutin M., Coriton O., Ainouche M., Salmon A. 2016. Haplotype detection from next generation sequencing in high ploidy-level species: 45S rDNA gene copies in the hexaploid Spartina maritima. G3 Genes Genomes Genetics, 6: 29-40
- Aliaga B. Genome-wide comparison of chromatin structure changes in infective forms of parasitic flatworms . 6ème journée du réseau IMH « Interaction Micro-organisme Hôtes », 19 Novembre 2014, Montpellier
– J. Boutte, B. Aliaga, J. Ferreira de Carvalho, O. Lima, S. Coudouel, D. Naquin, P. Wincker, J. Poulain, C. Da Silva, M. Ainouche and A. Salmon. Automatized detection of duplicated copies from NGS data: application to 45S rDNA and coding genes in hexaploid Spartina species (Poaceae). International Conference on Polyploidy, Hybridization, and Biodiversity (ICPHB), 7-10 May 2012, Průhonice, Czech Republic.
OTHER CURRENT EVENT
Déficient auditif, je suis Vice-Président de l’APIDA66 (Association pour l’Intégration des Déficients Auditifs des Pyrénées-Orientales) et je fais partie des porteurs de l’opération « Oreille Blanche« , notamment sur le campus de l’UPVD (voir l’actu).
Ma thèse est financée par un Contrat Doctoral Handicap du Ministère.