IHPE – BMC

EQUIPE BMC
Bases Moléculaires de la Co-évolution
Responsable : Christoph GRUNAU

 rond-GB

Dans notre équipe nous portons un intérêt tout particulier aux modèles d’interactions hôte / parasite et hôtes symbiotes et ce plus particulièrement sur les modèles  : Schistosoma mansoni (agent de la bilharziose intestinale humaine) et son mollusque hôte intermédiaire Biomphalaria spp., et le corail tropical Pocillopora damicornis et son algue symbiotique du genre symbiodinium. Dans ces modèles nous étudions les bases moléculaires de la coévolution à la fois au niveau de l’interaction des déterminants moléculaires clés jouant au cœur de ces interactions (par exemple entre le système de défense de l’hôte et les facteurs de pathogénicité des parasites), mais nous nous interrogeons également sur le fonctionnement des informations héritables sous-jacentes. Dans l’interaction entre le parasite/symbionte et leurs hôtes respectifs, la capacité de coloniser l’hôte et les mécanismes de défense de ce dernier s’opposent. Seulement certains phénotypes sont capables d’établir une interaction stable et durable. Cette idée est conceptualisée dans le modèle du «matching phénotype» qui représente l’hypothèse de base de nos études actuelles.
Nous étudions la plasticité phénotypique des molécules qui joue un rôle clé au cœur de l’interaction par : (i) des approches fonctionnelles nous permettant d’étudier les processus générateurs de polymorphisme et (ii) des approches populationnelles qui nous permettent de suivre la dynamique co-évolutive de ces interactions en temps réel. Cette co-évolution repose sur la sélection de variantes phénotypiques à travers leurs succès reproducteur, et l’héritabilité de la capacité de reproduire ces variantes dans les générations suivantes. Nous savons aujourd’hui que l’héritabilité d’un caractère (par exemple la capacité d’infester un hôte) n’est pas basée exclusivement sur l’information génétique mais repose également sur une composante épigénétique. Nos modèles nous permettent (i) d’avoir accès à la dynamique co-évolutive à l’échelle expérimentale et (ii) de disposer d’individus possédant des backgrounds génétiques proches ou identiques ceci étant un pré-requis indispensable afin de mener nos études épigénétiques de façon optimale. Enfin, nos modèles d’étude permettent également d’appréhender les mécanismes moléculaires, la spécificité, et la régulation de la réponse immunitaire innée et acquise chez les invertébrés.
A terme, le but de notre projet est d’étudier les interactions entre l’environnement, la diversité et la plasticité phénotypique, les différences épigénétiques, génétiques et la « fitness » pour mieux comprendre les mécanismes évolutifs et adaptatifs en populations naturelles.
– Offre de post-doctorat Schistosoma epigenetics. Date limite fin avril (Télécharger)
– Workshop CEMEB « Epigenetics in Ecology and Evolution » (Montpellier, France) 4/04/2016
– Ecole Thématique CNRS  « BioPerspectives » (Cargèse, Corse) 29/03 au 2/04/2016
– Workshop « mollusk epigenetic » (Montpellier, France) 02/02/2016 (! organisateurs !)
ESEB 2015 (Lausanne, Suisse) 10-14/08/2015
– Financement exceptionnel du Wellcome Trust :
Communiqué de presse CNRS 23/06/2015 « 5 Millions d’Euros attribués à un consortium international pour lutter contre des vers parasitaires »
SMBE 2015 (Vienne, Autriche) 12-16/07/2015
JOBIM 2015 (Clermont Ferrand, France) 6-9/07/2015
– Workshop International « Perpignan’s days on Applied Mathematics » (Perpignan, France) 10-12/06/2015 pdf du programme
– Ecole thématique Eco-Evo-Epigen (St.Pierre d’Oléron, France) 18-22/05/2015  (! organisateurs !)
REID 2015 : Réunion annuelle du Réseau Ecologie des Interactions Durables (Lyon, Campus de la DOUA) 23-26/03/2015
– Conférence « épigénétique et santé »  consultable via le site académique de SVT (Montpellier, France)
02/2015
Conference Leibniz Institute for Age Research (Jena, Allemagne) 16/04/2015
PERSONNEL PERMANENT :
GRUNAU Christoph PR UPVD (100%)
GOURBAL Benjamin MCU UPVD (100%)
COSSEAU Céline MCU UPVD (100%)
DUVAL David MCU UPVD (100%)
GALINIER Richard IR CNRS (100%)
POST-DOCTORANT :
TETREAU Guillaume, Post-Doctorant, UPVD
THESARDS :
ALBA Annia, Doctorante, Co-tutelle UPVD/La Havane
ALIAGA Benoît, Doctorant, Allocataire UPVD
PINAUD Silvain, Doctorant, Allocataire UPVD
PORTET Anaïs, Doctorante, Allocataire UPVD
VISITEURS :
COUTINHO CARNEIRO Vitor, post-doctorant, Instituto de Bioquimica Medica de l’Universidade do Brasil, BRESIL
FNEICH Sara, post-doctorante INRA, Jouy-en-Josas, FRANCE
BULLA Ingo, chercheur, institut für Mathematik und Informatik, Universität Greifswald, ALLEMAGNE
PRATX Loris, doctorant, INRA Institut Sophia Agrobiotech, Sophia Antipolis, Nice, FRANCE
GOMEZ-DIAZ Elena, doctorante, Station Biologique Donana, Séville, ESPAGNE
SENTIS Arnaud, PostDoc, Laboratoire Evolution et Diversité Biologique EDB, Université de Toulouse III, Toulouse FRANCE
RONDON Rodolfo, doctorant Equipe MIMM, Allocataire Ifremer
DE CARVALHO AUGUSTO Ronaldo, doctorant, Laboratorio de Avaliaçao e Promocao da Saude Ambiental, Rio de Janeiro, BRESIL
ANCIEN PERSONNEL :
ROQUIS David, (doctorant 2012-2015), PostDoc laboratoire « Population Epigenetics and Epigenomics » , Technischse Universität München, Munich, Allemagne email
– LIMA Mariana, doctorante brésilienne (mars-septembre 2015), Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, BRESIL
BOON Nele, doctorante belge (avril-août 2015), Katholieke Universiteit Leuven BELGIQUE
DHEILLY Nolwenn (PostDoc 2011-2013) Assistant Professor, Stony Brook University, NY, USA
FNEICH Sara (doctorante 2011-2014) PostDoc INRA, UMR 1198 Biologie du Développement et de la Reproduction, Jouy en Josas, FRANCE  email
PORTELA Julien (doctorant 2010-2013) Créateur de la star-up « Genelife » email 
LEPESANT Julie (doctorante 2009-2012) Post-doctorat, Fondation ARC pour la Recherche sur le Cancer, Toulouse, FRANCE email
MONE Yves (doctorant 2007-2010) Post-doctorat, INRA Montpellier, FRANCE
AFFOURMOU Kouamé (doctorant 2007-2009) Maître de Conférences, Université de Cocody, COTE D’IVOIRE email
ROGER Emmanuel (doctorant 2004-2008) Maître de Conférences, Université de Lille I, FRANCE email

Protocols in molecular biology and epigenetics © BMC


General Methods

Epigenetics

Bio-Informatics

Cell lines

  • HT1080: human fibrosarcoma culture (male), epithelial-like adherent cells growing as monolayers
  • TOU: lymphoblast cell culture, immortalized by transformation with EBV, contains 21p-

Schistosoma mansoni

PRINCIPALES COLLABORATIONS NATIONALES :
– P.B. ARIMONDO, Labo Pierre Fabre Centre de Recherche & Développement, Toulouse
P. ABAD & C. COUSTAU, INRA Sophia-Antipolis, Nice
– R. PIERCE & E. ROGER, U 547 Inserm-Université Lille 2-Institut Pasteur, Lille
– J-M. REICHHART, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, CNRS, Strasbourg
– Y. MORET, BioGéoSciences, CNRS, Université de Bourgogne, Dijon
PRINCIPALES COLLABORATIONS INTERNATIONALES :
– S. MAS-COMA, Dept. Parasitologia, Universidad de Valencia, Espagne
– L. DU PASQUIER, Université de  Basel, Suisse
– T. HUYSE, Royal Museum for Central Africa, Tervuren, Belgique
– N. BOON, Laboratory of Biodiversity and Evolutionary Genomics, Leuven, Belgique
– M. REICHELT, Max Planck Institute for Chemical Ecology, Jena, Allemagne
– J. BULLA, Dpt. Mathématiques, Université de Bergen, Norvège
– M. FREITAG & M. BLOUIN, Oregon State University, Corvallis, USA
– C. ADEMA, Center for Evolutionary and Theoretical Immunology, University of New Mexico, USA
– T. ANDERSON, Texas Biomedical Research Institute, USA
– G. OLIVEIRA, Centro de Pesquisas Rene Rachou, Belo Horizonte, Brésil
– O. NOYA, Instituto de Medicina Tropical, Universidad Central de Venezuela, Caracas, Venezuela
– CUNIPAT (2015-2018) – AgriBio4 / INRA –
Analyse et conception de modes de gestion intégrés (pâturage, production, santé animale) en systèmes cunicoles AB. Analyse de la résistance aux parasites via l’ingestion de tannins chez le lapin.
– TRANSGIGAS (2016-2019) – Chercheur d’Avenir Région Languedoc Roussillon –
Acquisition de résistances TRANS générationnelles chez l’huître creuse Crassostrea GIGAS : implication de la composante épigénétique
–  FUGI (2015-2020) – Wellcome Trust Strategic Award –
Functionnal genomics fo flatworms – work-package epigenetic analysis
–  MATER-IMMUNITY (2014-2019) – ANR –
Transfert maternel d’immunité chez les insectes / Caractérisation fonctionnelle et évolution
INVIMORY (2014-2018) – ANR –
Immunité mémoire chez les invertébrés : spécificité et mécanismes de l’immunité mémoire chez le mollusque Lophotrochozoaire Biomphalaria glabrata
 

CONTRATS TERMINES

– AURORA (2015)  – Campus France (collaboration Norvège)
Statistical modelling in Epigenetics: a pan-species study of distribution of CpG o/e ratios and DNA methylation patterns
– EUPHORBIA (2015) – CNPq Brésil –
Gene expression in the Schistosoma mansoni exposed to Euphorbia milii latex
– EPIGEVOL (2010-2014) – ANR –
Mécanismes épigénétiques et génétiques de l’évolution adaptative: les parasites métazoaires peuvent-ils l’emporter sur la Reine Rouge ?

DISCLAIMER – Our group provides this data in good faith, but makes no warranty, express or implied, or assumes any legal liability or responsibility for any purpose that the data is used for.


MethDB:  the database for DNA methylation and environmental epigenetic effects.


PrimerDB:  the local oligonucleotide database (access restriction applies).


AntibodyDB:  the local antibody database (access restriction applies).


Local Galaxy Instance provides a graphical interface for bioinformatics analysis (access restriction applies)


SchistoGbrowse v2.54 genome browser for assembly version 5.2 (access restriction applies)


SnakeCharmer for selection of restriction enzymes for COmbined Bisulfite Restriiction Assay (COBRA)


MethTools analysis of bisulfite DNA methylation sequencing